Narodnostni manjšini predstavljata v dvostranskih odnosih faktor trdnosti med državama. Njihove pravice so v obeh državah urejene z zakoni na evropski ravni. Od leta 1992 ureja sodelovanje na tem področju dvostranski medvladni dogovor.

Zaščiti in podpori narodnostnih manjšin namenjata obe državi posebno pozornost. Predsednik države László Sólyom je novembra 2005 obiskal Porabje, kjer se je srečal z vodjami slovenske skupnosti, nato pa sta s svojim slovenskim partnerjem predsednikom dr. Janezom Drnovškom imela sestanek v Lendavi, na katerem so se pogovarjali o aktualnih manjšinskih vprašanjih.

Predsedniki obeh vlad sta tudi vodila razgovore v Prekmurju, ko je 18. septembra 2004 na povabilo slovenskega premiera Antona Ropa predsednik vlade Ferenc Gyurcsány prisostvoval slovesni predaji gledališča in koncertne dvorane v Lendavi.

Septembra 2005 sta se minister za izobraževanje Bálint Magyar in njegov kolega Milan Zver skupaj informirala o položaju šolstva v Porabju in Prekmurju. Državni sekretar madžarskega ministrstva za šolstvo je oktobra 2005 organiziral strokovno sejo v porabskem Gornjem Seniku, oktobra 2005, nato januarja 2006 pa sta obmejna območja obiskala predsednik madžarsko-slovenske prijateljske skupine Medparlamentarne unije, poslanec János Halász in njegova slovenska kolegica.

Mešana komisija za manjšine, ki je zadolžena za nadziranje izvrševanja dvostranskega medvladnega sporazuma o zaščiti manjšin, je svojo zadnjo sejo imela maja 2005, trenutno potekajo priprave na naslednjo sejo. Državni sekretar v uradu predsednika vlade in predsednik madžarskega dela komisije, Vilmos Szabó je 27. januarja 2006 glede priprav obiskal državnega sekretarja in slovenskega predsedniškega kolega Zorka Pelikana v Ljubljani.

Največji problem madžarske skupnosti v Sloveniji je drastično upadanje populacije. Po podatkih zadnjega popisa prebivalstva iz leta 2002 se je število prebivalcev, ki se proglašajo za Madžare, v desetih letih zmanjšal približno za 25%. Tako znaša trenutno to število le 6.200, kar je le ena tretjina števila prebivalstva iz let 1960 in 1980. Mešana komisija za manjšine je podala predlog za globoko analizo razlogov, s pomočjo katere bi se ta izjemno negativen pojav lahko zaustavil.