Венгрия признала независимость Республики Молдова 26 декабря 1991 г. Дипломатические отношения между ними были установлены 16 января 1992 г. Вслед за установлением дипломатических отношений, также в 1992 г., стороны открыли свои посольства в столицах. Двусторонние отношения регламентируются около полусотнями договоров и соглашений о сотрудничестве.

16 января 2012 г. Е.П. г-н Дьёрдь Варга, Посол Венгрии в Республики Молдова, поздравил Е.П. г-на Юрия Лянкэ, Министра иностранных дел и европейской интеграции Республики Молдова, по случаю 20-летнего юбилея установления дипломатических отношений и отметил, что отношения между Венгрией и Республикой Молдова характеризуются развивающимся и консолидирующимся сотрудничеством и дружескими связями. Также г-н Посол выразил надежду, что все запланированные мероприятия в рамках двусторонних отношений в текущем году будут демонстрировать постоянное и динамичное развитие, и станут показателем дружественных отношений между Венгрией и Республикой Молдовой.