Magyarország 1991. december 26-án ismerte el a Moldovai Köztársaság függetlenségét. A két ország 1992. január 16-án létesített egymással diplomáciai kapcsolatokat. A diplomáciai kapcsolatok felvételét követően a két fővárosban diplomáciai képviseletek nyíltak. A kétoldalú kapcsolatokat mintegy ötven szerződés és együttműködési megállapodás szabályozza.

2012. január 16-án dr. Varga György, Magyarország moldovai nagykövete gratulált Iurie Leanca úrnak, a Moldovai Köztársaság külügy- és európai Integrációs miniszterének a diplomáciai kapcsolatok felvételének 20. évfordulója alkalmából. A nagykövet kiemelte, hogy Magyarországot és a Moldovai Köztársaságot baráti szálak fűzik össze, a kétoldalú kapcsolatokat fejlődő és erősödő együttműködés jellemzi. A nagykövet reményét fejezte ki, hogy 2012 során a kétoldalú kapcsolatokban tervezett események jól tükrözik majd Magyarország és a Moldovai Köztársaság baráti kapcsolatainak dinamikus fejlődését.