• Megállapodás a Magyar Köztársaság és a Moldovai Köztársaság között a kettős adóztatás elkerüléséről és az adóztatás kijátszásának megakadályozásáról a jövedelem- és vagyonadók területén (Budapest, 1995. április 19.)
• Megállapodás a Magyar Köztársaság és a Moldovai Köztársaság között a beruházások ösztönzéséről és kölcsönös védelméről (Budapest, 1995. április 19.)
• Megállapodás a Magyar Köztársaság Kormánya és a Moldovai Köztársaság Kormánya között a Magyar Köztársaság, illetve a Moldovai Köztársaság területén jogellenesen tartózkodó személyek átadásáról és átvételéről (Budapest, 1997. június 4.)
• Egyezmény a Magyar Köztársaság Kormánya és a Moldovai Köztársaság Kormánya között a nemzetközi közúti személyszállításról és árufuvarozásról (Budapest, 1997. június 4.)
• Megállapodás a Magyar Köztársaság Kormánya és a Moldovai Köztársaság Kormánya között a terrorizmus, a kábítószer tiltott forgalma és a szervezett bűnözés elleni harcban történő együttműködésről (Budapest, 1997. június 4.)
• Egyezmény a Magyar Köztársaság Kormánya és a Moldovai Köztársaság Kormánya között a növény-egészségügyi és növényvédelmi együttműködésről (Chisinau, 1997. szeptember 27.)
• Megállapodás a Magyar Köztársaság Kormánya és a Moldovai Köztársaság Kormánya között az idegenforgalom területén való együttműködésről. (Chisinau, 1997. szeptember 27.)
• Megállapodás a Magyar Köztársaság Népjóléti Minisztériuma és a Moldovai Köztársaság Egészségügyi Minisztériuma közötti együttműködésről (Chisinau, 1997. szeptember 27.)
• Megállapodás a Magyar Köztársaság Kormánya és a Moldovai Köztársaság Kormánya között a háborúban elesett katonák és polgári áldozatok emlékhelyeinek megőrzéséről és megörökítéséről, valamint sírjaik jogi helyzetéről (Chisinau, 1998. március 2.)
• Konzuli Egyezmény a Magyar Köztársaság és a Moldovai Köztársaság között (2005. november 17.)
• 2007. szeptember 17-én fogadta el az Országgyűlés a Magyar Köztársaság és a Moldovai Köztársaság Kormánya között 2005. november 17-én aláírt Jegyzőkönyvet a korábban a Szovjetunióval kötött szerződések utódlásáról.
• 2007 novemberében írták alá a Moldovai Köztársaság Vámhatósága és a VPOP közötti együttműködési megállapodást, valamint a magyar és a moldovai gazdasági versenyhivatalok közötti megállapodást.
• 2008 februárjában a Legfőbb Ügyész és moldovai partnere írtak alá Chisinauban együttműködési megállapodást.
• 2010. február 23-án Valeriu Lazar, miniszterelnök-helyettes, gazdasági miniszter és dr. Varga György chisinaui nagykövet aláírta a Magyar Köztársaság Kormánya és a Moldovai Köztársaság Kormánya közötti új Gazdasági Együttműködési Megállapodást.
  

A bilaterális együttműködés aktuális kérdései 
 
A Magyar Köztársaság támogatja a Moldovai Köztársaság szuverenitásának erősítését és területi egységének helyreállítását. Az EU közös külpolitikája keretében Moldova prioritást élvező partnerünk, támogatjuk integrációs törekvéseit, az EU-Akciótervben foglaltak sikeres megvalósítását. Érdemben részt veszünk a szabadpiaci viszonyok és a demokrácia működését biztosító intézmények fejlesztésében. Fontosnak tarjuk a Moldovai Köztársaság multikulturális és multietnikus értékeinek fejlődését. Érdekünk a térség biztonságának erősítése, a csempészet, az illegális migráció, a szervezett bűnözés elleni közös föllépés. Egyre kiterjedtebb együttműködésünkben célunk a gazdasági kapcsolatok erősítése.
 
A Közös Vízumkérelem-átvevő Központ

2007-ben Magyarország felvállalta Közös Vízumkérelem-átvevő Központ (CAC) létrehozását a moldovai fővárosban. A CAC felállításával és sikeres működtetésével Magyarország az EU Keleti Szomszédságpolitikáját tekintve is jelentős diplomáciai sikert ért el, valamint kivívta a moldovai hatóságok és a lakosság egyöntetű elismerését. A CAC jelenleg 14 ország nevében ad ki vízumot moldovai állampolgároknak (legutoljára – 2010. november 1-től – Szlovákia csatlakozott a Közös Vízumkérelem-átvevő Központhoz). Megállapodás született arról, hogy 2011. január 1-től – 15. országként – Horvátország is csatlakozik a Központhoz.

Nemzetközi fejlesztési projektben való együttműködés
 
Moldova egyik kiemelt NEFE partnerünk, így fejlesztési tevékenységünk tervezése és végrehajtása során különleges státuszához illő figyelemben részesül. A projektek előkészítésénél az ország fejlesztési célkitűzéseivel összhangban megfogalmazott igények dominálnak. A magyar tapasztalatok átadásával, a kidolgozott projektek megvalósításával érdemben segítjük a demokráciaépítés folyamatát, támogatjuk az integrációs kapcsolatrendszer erősítését szolgáló külpolitikai célkitűzések megvalósítását, szakértői segítségnyújtást biztosítunk az igazságszolgáltatás és a választási rendszer moldovai reformjához, a személyi adatvédelem és versenyjog korszerűsítéséhez. Ennek megfelelően elsőbbséget élveznek a demokratikus átalakulást, az EU-normákhoz való közeledést, illetve az intézményi fejlődést támogató projektek. A rendelkezésre álló források segítségével Moldova fejlődése szempontjából prioritásként kezelt területek minél szélesebb spektrumát magában foglaló projektek kidolgozására törekszünk, melyek részben a már korábban kialakított sikeres együttműködés folyatatására irányulnak. Partnereinktől kapott visszacsatolások alapján úgy látjuk, hogy programjaink fogadtatása széles körben pozitív.

A magyar Külügyminisztérium a rendelkezésére álló NEFE-programjából eddig több mint 200 ezer eurót fordított moldovai projektek finanszírozására.

• 1991. december 26-án Magyarország az elsők között ismerte el a Moldovai Köztársaságot
• Jeszenszky Géza külügyminiszter 1992. január 16-i chisinaui látogatása során megtörtént a két ország közötti diplomáciai kapcsolatfelvétel.
• 1995 áprilisában Göncz Árpád köztársasági elnök meghívására hivatalos látogatást tett Magyarországon Mircea Snegur, a Moldovai Köztársaság elnöke.
• 1996. március 6-án a chisinaui parlament ratifikálta a magyar-moldovai alapszerződést.
• 1997. június 3.– 4. között Budapestre látogatott Ion Ciubuc miniszterelnök.
• 1997. október 27–28-án Petru Lucinschi elnök meghívására hivatalos látogatásra Chisinauba érkezett Göncz Árpád köztársasági elnök.
• 2003. február 20–21-én Mádl Ferenc köztársasági elnök meghívására kétnapos hivatalos látogatásra, Magyarországra érkezett Vlagyimir Voronyin, a Moldovai Köztársaság elnöke.
• 2005 októberében hivatalos látogatást tett Magyarországon Marian Lupu, a moldovai parlament elnöke.
• 2005. november 17–18-án hivatalos látogatást tett Magyarországon Andrei Stratan külügy- és európai integrációs miniszter, miniszterelnök-helyettes.
• 2007. március 30–31-én kétnapos moldovai látogatást tett Szili Katalin, az Országgyűlés elnöke. Látogatása során fogadta őt Vladimir Voronin köztársasági elnöke és Vasile Tarlev miniszterelnök is.
• 2007. április 25-én a CAC (Közös Vízumkérvény-átvevő Központ) hivatalos megnyitóján részt vett és beszédet mondott Göncz Kinga külügyminiszter.
• 2007. november 17-én Vasile Tarlev miniszterelnök Budapesten folytatott hivatalos tárgyalásokat.
• 2007-ben Moldovában járt az Országgyűlés magyar-moldovai baráti tagozatának küldöttsége, az igazságügyi és rendészeti miniszter, az Állami Számvevőszék elnöke, a Gazdasági Versenyhivatal főtitkára és az adatvédelmi ombudsman.
• 2008. február 12–14 között dr. Kovács Tamás legfőbb ügyész kereste föl a moldovai fővárost.
• 2008. április 28–30. között hivatalos látogatást tett Magyarországon Marian Lupu parlamenti elnök.
• 2008. szeptember 16–17 között hivatalos látogatáson Moldovában járt Szili Katalin, az Országgyűlés elnöke.
• 2008. november 28-án Göncz Kinga külügyminiszter részt vett a KEK külügyminisztereinek chisinaui értekezletén, majd kétoldalú megbeszélést folytatott moldovai partnerével.
• 2008. november 29-én Gyurcsány Ferenc miniszterelnök részt vett a KEK miniszterelnökeinek chisinaui találkozóján. Ezt követően tárgyalásokat folytatott Vladimir Voronin államfővel és Zinaida Greceanii miniszterelnökkel.
• 2008. december 10–15 között magyar partnerének meghívására ötnapos budapesti tanulmányúton vett részt a moldovai Alkotmánybíróság elnöki delegációja.
• 2009. szeptember 29-én – brüsszeli látogatásukról hazatérőben – rövid időre megállt Budapesten Vladimir Filat miniszterelnök és Iurie Leanca külügy- és európai integrációs miniszter, miniszterelnök-helyettes. A vendégeket a Ferihegyi repülőtér tranzitvárójában dr. Balázs Péter külügyminiszter fogadta.
• 2010. február 19-én Budapestre látogatott Iurie Leanca külügy- és európai integrációs miniszter, miniszterelnök-helyettes.
• 2010. február 23. és 25. között – magyar partnerei meghívására – Budapestre látogatott Igor Corman, a parlament külügyi és európai integrációs bizottságának elnöke. A kétoldalú program mellett részt vett a V4 és a Keleti Partnerség országok külügyi bizottsági elnökeinek ülésén.
• 2010. február 25-én Vladimir Filat miniszterelnök részt vett a Duna-csúcstalálkozón, valamint kétoldalú megbeszéléseket folytatott a kormány és az ellenzék vezetőivel.
• 2010. március 2-án Iurie Leanca külügy- és európai integrációs miniszter Budapesten részt vett a V4 és a Keleti Partnerség országai külügyminisztereinek találkozóján.
• 2010. április 27. és 29. között – dr. Kovács Tamás legfőbb ügyész meghívására – Budapestre látogatott Valeriu Zubco legfőbb ügyész. A magas rangú vendéget fogadta, egyebek mellett, Katona Béla, az Országgyűlés elnöke.
• 2010. július 21-én, a parlamenti elnökök genfi világtalálkozójáról hazatérőben, Mihai Ghimpu, a moldovai parlament elnöke rövid időre megállt Budapesten és megbeszélést folytatott Schmitt Pállal, az Országgyűlés elnökével.
• 2010. augusztus 26-án Martonyi János külügyminiszter munkalátogatáson fogadta Iurie Leanca moldovai miniszterelnök-helyettest, külügy- és európai integrációs minisztert.
• 2010. szeptember 7-én Orbán Viktor miniszterelnök meghívására munkalátogatást tett Budapesten Vlad Filat moldovai miniszterelnök.
• 2010. szeptember 30-án Németh Zsolt, a Külügyminisztérium parlamenti államtitkára részt vett a „Moldova barátai” csoport Chisinauban rendezett harmadik ülésén.
• 2010. október 25-én hivatalos látogatást tett Moldovában Orbán Viktor miniszterelnök.
• 2011. június 16-án, a Visegrádi Négyek pozsonyi kormányfői értekezletének margóján találkozó jött létre Orbán Viktor, illetve Vladimir Filat miniszterelnök között.
• 2011. június 28–29-én Budapesten tartózkodott Iurie Leanca miniszterelnök-helyettes, külügy- és európai integrációs miniszter, ahol részt vett a budapesti Tom Lantos Intézet megnyitóján.
• 2011. december 7–8-án az Európai Néppárt Marseille-i kongresszusának margóján informális megbeszélésre került sor Orbán Viktor magyar, illetve Vladimir Filat moldovai miniszterelnök között.
• 2012. február 2-án munkalátogatást tett Chisinauban Martonyi János külügyminiszter.
• 2012. szeptember 10–12-én – Kövér Lászlónak, a Magyar Országgyűlés elnökének a meghívására – hivatalos látogatást tett Magyarországon Marian Lupu, a moldovai parlament elnöke.