A Magyar Köztársaság 1991. december 26-án, a többi szovjet utódállammal együtt ismerte el az önálló Kirgiz Köztársaságot. A diplomáciai kapcsolatok a két ország között 1992. április 12-én, kölcsönös jegyzékváltás útján jöttek létre.Az eltelt időszak alatt kirgiz államfő, külügyminiszter, illetve (a korábban kétkamarás) parlament két házának elnöke járt hazánkban. Magyar részről az Országgyűlés alelnöke, a közép-ázsiai baráti tagozat elnöke, illetve a külügyminisztérium politikai államtitkára járt Kirgizisztánban.A két országban kölcsönösen létrejöttek a baráti társaságok: a Magyar-Kirgiz Baráti Társaság 2003. április 9-én alakult meg; elnöke: Mészáros Márta filmrendező. A Kirgiz-Magyar Baráti Társaság élére Genrih Baljan tiszteletbeli konzul került.A gazdasági kapcsolatok előmozdítása céljából Kirgizisztánban járt Major István, a külgazdasági kapcsolatokért felelős helyettes államtitkár, illetve az Eximbank elnöke. Üzletember-találkozóra is sor került. 2003 júniusában a Budapesti Búcsú keretében Biskeki Napokat rendeztek Budapesten, amelyen népes kirgiz művészeti delegáció is fellépett. Június 24-én Demszky Gábor budapesti és Medetbek Kerimkulov biskeki főpolgármester aláírták a két főváros közötti együttműködési megállapodást. Ezen a találkozón jelentették be hivatalosan, hogy Magyarország közel 60 millió Ft értékű gyógyszersegélyt küld a kirgizisztáni földcsuszamlás áldozatainak. 2005 márciusában Kolber István, a regionális fejlesztésekért felelős tárca nélküli miniszter fogadta Okmotbek Almakucsukovot, az idegenforgalom fejlesztéséért felelős kirgiz állami bizottság elnökét.
1996. február 15-18-án Roza Otunbajeva kirgiz külügyminiszter tett látogatást Magyarországon.
1996 szeptemberében Füzessy Tibor, az Magyar Országgyűlés alelnökének vezetésével parlamenti küldöttség látogatott Kirgizisztánba.Göncz Árpád köztársasági elnök 1997. november 1-2. között tett hivatalos látogatást Kirgizisztánban. Aszkar Akajev akkori államfő a magyar elnöki látogatást 1998. november 20-23-án viszonozta.
1999 áprilisában Kirgizisztánba látogatott a Magyar Országgyűlés közép-ázsiai baráti tagozatának a küldöttsége, Varga Mihálynak, a tagozat elnökének a vezetésével.A Népképviselők Gyűlésének (a kirgiz parlament felsőházának) elnöke, Abdigani Erkebajev vezette delegáció Áder János házelnök úr meghívására 1999. szeptember 22-25. között tett látogatást hazánkban.
2002 júniusában Demszky Gábor főpolgármester közép-ázsiai körútja során látogatást tett a kirgiz fővárosban.
2003. április 23-24-én, a két ország közötti külügyminisztériumi együttműködési megállapodás keretében, kirgiz meghívás alapján konzultáció céljából Bársony András, a Külügyminisztérium politikai államtitkára látogatást tett a Kirgiz Köztársaságban. Látogatását Taalajbek Küdürov államtitkár viszonozta, 2007. június 25-26-án. Ez alkalommal a kirgiz államtitkár, illetve dr. Szőke László külügyminisztériumi szakállamtitkár aláírta a két ország Külügyminisztériumai közötti új együttműködési jegyzőkönyvet.
2003. május 28-30 között az Országgyűlés elnökének meghívása alapján Magyarországra látogatott Altaj Borubajev, a Népképviselők Gyűlésének (a parlament felsőházának) elnöke által vezetett kirgiz parlamenti delegáció.
2003. május 31. és június 10. között Demszky Gábor főpolgármester vezetésével Budapest főváros küldöttsége – közép-ázsiai körútja során – látogatást tett Kirgizisztánban. Még ugyanabban a hónapban Magyarországon járt Medetbek Kerimkulov biskeki főpolgármester.
2010 szeptemberében kétoldalú konzultációkat folytatott Biskekben dr. Vadai Ágnes államtitkár kirgiz partnerével a Védelmi Minisztériumban.
2010. december 1-2.: Dr. Schmitt Pál köztársasági elnök megbeszélést folytatott Roza Otunbajeva kirgiz elnökkel az asztanai EBESZ-csúcs margóján.2011. január 15.: Dr. Balogh Csaba külügyminisztériumi főosztályvezető-helyettes kétoldalú külügyi konzultációkat folytatott Kirgizisztánban. Tárgyalópartnerek: Kanat Turszunkulov, a kirgiz KüM Nyugati Országok Főosztályának helyettes vezetője, Christoph Sorg, az EU kirgíziai képviseletének adminisztratív vezetője. 2011. június 6-7.: Roza Otunbajeva kirgiz elnök hivatalos magyarországi látogatása; megbeszélést folytatott dr. Schmitt Pál államfővel, dr. Kövér László házelnökkel. Az elnöki látogatás alatt kerültek aláírásra a két ország Honvédelmi Minisztériuma közötti katonai együttműködési megállapodás; a XIV. kerület – Zugló és Cholpon-Ata városa közötti testvérvárosi megállapodás; valamint a Veszprém és Isszik-Kul megye, a gödöllői Szent István Egyetem és a Kirgizisztáni Nemzeti Agráregyetem, illetve a két ország vitorlásszövetsége közötti együttműködési megállapodások.2011. augusztus 29 – szeptember 1.: Papcsák Ferenc, az Országgyűlés IPU Közép-Ázsiai Baráti Tagozatának elnöke hivatalos látogatás keretében megbeszéléseket folytatott Dzsienbekov Asylbek Saripovics, a Zsogorku Kenesh alelnöke, Tumanov Toktogul Tumanovich, a Kirgiz-Magyar Baráti Tagozat elnöke, Almaz Batukbekov, a Parlamenti Együttműködési Bizottság elnöke, a Zsogorku Kenesh (kirgiz parlament) alelnökével, a Kirgiz-Magyar Baráti Tagozat elnökével, a Parlamenti Együttműködési Bizottság elnökével, Bekov Torogul mezőgazdasági miniszterrel, Kemelova Dinara Amonturovna, nyugat-európai országokkal való kapcsolatokért felelős külügyminiszter-helyettessel, Dzsamankulov Zsanat Megyetovics Cholpon-Ata polgármesterével, Nurgaziev Rysbek a Kirgiz Állami Agrár Egyetem rektorával, Baljan Genrih Magyarország kirgizisztáni tiszteletbeli konzuljával, valamint részt vett a Kirgiz Köztársaság függetlensége 20. évfordulója alkalmából Cholpon-Atán rendezett ünnepi megemlékezésen.2011. december 1-én Laszlóczki Imre nagykövet részt vett Almazbek Atambajev elnök ünnepélyes beiktatásán.