Magyarország asztanai nagykövetét akkreditálja Kirgizisztánba, míg a közép-ázsiai országot bécsi nagykövete képviseli hazánkban. A magyar állampolgárok konzuli védelmét Kirgizisztánban a kazahsztáni Almatiban működő főkonzulátusunk látja el.
Emellett a két ország tiszteletbeli konzulátusokat is létesített egymás országában. 2001. augusztus 27-én nyílt meg Genrih Baljan üzletember vezetésével hazánk biskeki tiszteletbeli konzulátusa. Dr. Erdős Endre, a Kirgiz Köztársaság magyarországi tiszteletbeli konzulja 2002 szeptemberétől működik.