A kétoldalú kapcsolatokat szabályozó alapszerződést 1992. augusztus 8-án írták alá. Szerződéses kapcsolataink bővítése jelenleg is napirenden van.

A két egészségügyi tárca 2002 márciusában írt alá egyetértési nyilatkozatot az egészségügy és az orvostudomány területén folytatandó együttműködésről. Az ugyancsak 2002. márciusi tallinni külügyminiszteri látogatás során került aláírásra a visszafogadási megállapodás, majd áprilisban a turisztikai megállapodás. 2004 januárjában született a tárcaközi kulturális együttműködést szabályozó kétoldalú munkaterv. 2005 decemberében került aláírásra a kulturális intézetek státuszát szabályozó megállapodás.

A magyar-észt kapcsolatokat megoldatlan kérdések nem terhelik, s azoknak különleges jelleget ad a finnugor nyelvrokonság tudata.

Magyarország 1921-ben ismerte el az Észt Köztársaságot. Hazánk első misszióját 1923-ban nyitotta meg Tallinnban. (A követség 1928-ban Helsinkibe költözött, s az 1940-es szovjet megszállásig onnan intézték az észt ügyeket is.) Több mint ötvenéves kényszerszünetet követően 1991. szeptember 2-án került sor a diplomáciai kapcsolatok újrafelvételére. Magyarország 1991.december 10-től  akkreditált nagykövetet Helsinkiből Észtországba Jávorszky Béla személyében. Észtország 2001 végéig bécsi nagykövetét akkreditálta Magyarországra, miközben 1999-ben ideiglenes ügyvivő vezetésével megnyílt a budapesti észt nagykövetség, amelynek vezetését 2001 decemberében emelték nagyköveti szintre.

Magyar részről 1999-ben nyitottunk ismét nagykövetséget Tallinnban. Első nagykövetünk Jávorszky Béla volt. (A misszió 2002-ben külgazdasági és katonai attaséval is bővült.) Jelenlegi nagykövetünk 2011 szeptemberétől Haupt Erik.
Magyarországnak 1994 áprilisa óta Tallinnban (Mall Hellam, Bán István), Észtországnak pedig Budapesten (Berecki András) működik tiszteletbeli konzulja.

A kétoldalú diplomáciai és politikai kapcsolatok új lendületet kaptak Észtország 2004. márciusi NATO csatlakozásával, illetve közös EU-tagságunk révén.

Államfő - Első magyar államfőként Göncz Árpád látogatott a balti országba 1996 májusában. Észt köztársasági elnök (Lennart Meri) három alkalommal volt hazánk vendége: 1994 decemberében (az EBEÉ-csúcstalálkozó keretén belül) és 1997 májusában. (2002 márciusában L. Meri volt észt államfő magánlátogatáson járt hazánkban.) Mádl Ferenc köztársasági elnök első hivatalos külföldi útja Észtországba vezetett 2000 decemberében. Arnold Rüütel észt köztársasági elnök 2002 szeptemberében tett hivatalos látogatást Magyarországon. Rüütel 2004 áprilisában ismét hazánkba érkezett, ahol díszdoktori kitüntetést vett át a gödöllői Szent István Egyetemtől. Mádl Ferenc 2004. augusztus 15-17. között látogatott Tallinnba, ahol részt vett a IV. Finnugor Világkongresszuson. Észt részről legutóbb Toomas Hendrik Ilves köztársasági elnök 2009. október 5-6-án tett hivatalos állami látogatást Magyarországon. 
 
Kormányfő – Az első hivatalos kormányfői találkozóra 1993 januárjában került sor Mart Laar miniszterelnök magyarországi útja keretében. Orbán Viktor személyében 2000. májusában először látogatott magyar miniszterelnök Észtországba. (A magyar kormányfő 2001 szeptemberében is járt Tallinnban, ahol részt vett a közép-európai jobbközép pártok vezetőinek tanácskozásán, s egyúttal kétoldalú megbeszéléseket folytatott - akkori - észt partnerével, Mart Laar kormányfővel.)

Parlament - A két ország törvényhozása közötti kapcsolatok 1994 áprilisában, Ülo Nugis észt házelnök magyarországi útja alkalmával emelkedtek a legfelsőbb szintre. 2003 júniusában Szili Katalin házelnök baltikumi útja keretében ellátogatott Észtországba is. Ene Ergma észt házelnök 2005. május 5-6. között részt vett Budapesten az EU házelnökök parlamenti konferenciáján.

 

Külügyminiszter – magyar külügyminiszter több alkalommal látogatott Tallinnba: 1992-ben (Jeszenszky Géza - hivatalos látogatás), 1995 októberében (Kovács László az EBESZ soros elnökeként), 1999 októberében (Martonyi János az Európai Unióval csatlakozási tárgyalásokat folytató „luxembourgi hatok” külügyminisztereinek találkozóján vett részt), valamint 2002 márciusában és 2011. júniusában amikor Martonyi János járt hivatalos látogatáson Észtországban. Észt külügyminiszter (Trivimi Velliste) hivatalos látogatáson 1993-ban járt Budapesten.